本作は、3部作の内の第1作目であり、学園生活の1年間の1学期からその終わり（春 - 夏休み明け）までを舞台としている。

ストーリー
20XX年、東京。この街では正体不明の怪物「異形」による事件が続発していた。これに対し政府は特殊警察「XPD」を新設し、事態に対応した。―数年後、今なお起こるハザードのスクランブルに対し出動するXPDの隊員達。しかし、その場にはいとも簡単に異形を倒す謎の少年少女達がいた。その者達はコードライズと呼ばれる超人的な能力で、異形を蹴散らしていく。
―東京都日輪区に存在する、”共立日輪学園”。ある生徒達の元に1通のメールが届き、彼らはとある場所へと呼び出される。そこでハザード事件の調査・解決を任務とする「特務隊エクス」への勧誘を受ける。

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